ちょっと調べてみたところ、
・Mail-Reply-To は（まだ？）標準ではない。
・このヘッダが付いたメールに対してどのように振舞うかはメールソフト次第。
ということのようです。
（参考）
[mew-dist 22724] Re: Mail-Followup-To:
http://www.mew.org/pipermail/mew-dist/2002-December/022419.html
実際にメールソフトの振る舞いを試してみたところ、
Becky 2.26.0 だと、返信先を選択させることができますが、
Thunderbird 1.5.0.7 だと、強制的に Mail-Reply-To を返信先としてセットする、
ようです。
ちなみに、Thunderbirdはちょっと挙動不審ですね。
メール表示では「返信先」としてReply-Toのアドレスを表示していますが、
「返信」するとMail-Reply-Toのアドレスをセットしています。
P.S.
以下も参考。
メッセージ//返信
http://suika.fam.cx/~wakaba/-temp/wiki/wiki?%A5%E1%A5%C3%A5%BB%A1%BC%A5%B8%2F%2F%CA%D6%BF%AE
